使用Python/BioPython解析BLAST结果

在生物信息学中，对BLAST结果文件的解析是最为普遍的一个工作之一，在Perl中有BioPerl可以解析，而在Python中也有 BioPython，并且解析起来非常方便。由于BLAST的版本升级比较快，它的结果输出文件的格式有时也会相应变化，因此...

使用python实现BLAST

最近在自学python，又用python实现了一下BLAST。这次更新了打分函数如下，空位罚分改为-5，但不区分gap open 和 gap extend。

Python NCBIWWW.blast方法代码示例

Python NCBIWWW.blast使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在 类 Bio.Blast.NCBIWWW.blast 方法 的典型用法代码示...

python blast在线比对 每天最多数万条

python blast在线比对、每天可达数万条 背景：在碱基序列，如 TRINITY_DN931509_c0_g1_i1 GCACGTTCTTCTCGATGCTGACGGAGCGAGGCGCGCTGGCGGAGCTGATGGC ...

使用python实现BLAST

软件大小：51.5KB 资源类型：不详 授权方式：免费/开源资料 简介： 本文是使用python实现BLAST的资料，感兴趣的同学可以下载学习

BLAST

文章浏览阅读6.5k次，点赞5次，收藏37次。最近在自学python，又用python实现了一下BLAST。这次更新了打分函数如下，空位罚分改为-5，但不区分gap open 和 gap extend。blast算法 源代...

Python Blast.NCBIXML类代码示例

您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。示例1: blastBACTEUK▲ 点赞 9 ▼def blastBACTEUK(arg): out=open('bacterial.

使用python实现BLAST

最近在自学python，又用python实现了一下BLAST。这次更新了打分函数如下，空位罚分改为-5，但不区分gap open 和 gap extend。本内容试读结束，登录后 可阅读更多 下载后可阅读完整内...

用Biopython解析BLAST结果

这次使用的是 biopython 中解析 blast 结果的功能，随着 blast 版本的不断更新， blast的输出结果的格式也在不断改变，所以这对于 biopython 解析 blast 的结果造成了很大影响，所...

python 辅助 blast 序列

python splinter 辅助blast 较多的序列 生信分析过程中，有时需要blast一些序列去看一下一些序列到底是什么东西。一个一个的复制粘贴有点太麻烦，所以写了一个python的脚本，能够解放双手。以sam文件为例，提供一个思路。首先，安装...