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富集分析,看完这篇就够
(1)有向无环图: 箭头表示上下层级关系;椭圆形表示富集程度没有在前10的GO terms;方框表示富集程度在前10的GO terms。颜色表示差异基因在GO term里的富集程度,颜色越深则表示富集越显著,红色代表富集最显著的,黄色是富集次之的,无色表示富集不显著。
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GO、KEGG富集分析结果不满意?试试这个在线工具
如果点击蓝色的 本地版结果下载 按钮,则将所有比较组的GO富集分析结果文件(包含各种统计图表)打包下载到电脑上,解压后可直接查看结果文件。如果对默认的富集分析结果不满意,比如感兴趣的GO...
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详解GO的层级关系在富集分析中的应用
为了有效的利用GO富集分析的结果,我们势必需要对结果再次进行过滤。所有GO的层次结构关系如下图所示 这样的结构我们称之为有向无环图 DAG,虽然在图这种数据结构中,节点并没有严格的层...
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GO富集分析(转载)
富集分析一般包括以下步骤: 1.GO分析。根据挑选出的差异基因,计算这些差异基因同GO 分类中某(几)个特定的分支的超几何分布关系,GO 分析会对每个有差异基因存在的GO 返回一个p-value,小的p 值表示差异基因在该GO 中出现了富集。
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go富集分析是什么意思
go富集分析是什么意思-此时我们就需要把这些差异基因进行注释,把这些基因或蛋白分成几大类(一个类别就相当于一个GOterm),此时看这几大类的区别,肯定比看几十甚...
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GO与KEGG富集分析
下面我们给大家讲解关于GO与KEGG的富集分析,这在肿瘤微环境联合免疫细胞浸润分析中占着很重要的一步。GO富集分析 在进行GO富集分析之前,我们先要知道GO富集分析的目的。GO富集分析就是观察...
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3分钟了解GO/KEGG功能富集分析
对功能富集分析的最初了解,是从测序公司给我们的分析结果开始的。要知道朦朦胧胧的概念,就会导致对数据结果分析的不透彻,乃至不知如何让测序数据变得有意义。功能富集分析。说起功能富集分析,想必大家并不陌生,但...
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GO 和 KEGG 的区别 | GO KEGG数据库用法 | 基因集功能注释 | 代谢通路富集
ontology的缩写,GO数据库分别从功能、参与的生物途径及细胞中的定位对基因产物进行了标准化描述,即对基因产物进行简单注释,通过GO富集分析可以粗略了解差异基因富集在哪些生物学功能、途径或者细胞定位。 PathwayPathwa...
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