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生信小白菜之GEO数据库简介及数据获取方式
GSM是用户提供到GEO的样本单位 GPL用户测定表达量使用的芯片/平台 部分数据没有提供’gene symbol’,需要根据芯片编号找到二者的对应关系 GSE是完成的研究单位,包括研究描述、数据...
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GEO数据库及应用场景介绍
Samples:用户提交给GEO的样本数据,目前平台上共有2439709个样本 DataSets:GEO工作人员根据用户提交的数据整理后得到的数据集,类似于TCGA的level4数据,目前共有4348个。Profiles:GEO工作人员根据用户提交的数据整理后的数...
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直接在NCBI的GEO数据库查看表达谱数据
NCBI的GEO数据库是芯片数据的海洋,很多同学会在这里面找一些数据自己分析一下,为后续研究做些准备。这“很多同学”中的大多数需求都只是简单的想要找找不同样本/分组之间的差异,其实网站本身...
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请问怎么从GEO数据库里面下载样本的临床信息啊?比如年龄性别疾病分期啥的?
请问怎么从GEO数据库里面下载样本的临床信息啊?比如年龄性别疾病分期啥的?感觉自己下载下来一堆基因数据(´;`)显示全部 11,969 关注问题 写回答 邀请回答 好问题...
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GEO数据库 如何选择某一数据集中的部分样本进行差异分析呢?360问答
在 GEO 数据库中,选 择部分样本进行差异分析的方 法可能会有所不同,具体取决于您选择的差异分析工具和方法。一种常用的方法是使用 GEO2R 工具,它 是 GEO 数据库的内 置差异分析工具,可 360问答 以让您在线对 GEO ...
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GEO数据库 如何选择某一数据集中的部分样本进行差异分析呢?
在 GEO 数据库中,选择部分样本进行差异分析的方法可能会有所不同,具体取决于您选择的差异分析工具和方法。一种常用的方法是使用 GEO2R 工具,它是 GEO 数据库的内置差异分析工具,可以让您在线对 GEO 数据进行差异分析。
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芯片数据分析笔记【03】 | GEO数据库使用教程及在线数据分析工具
分别对应的是,GEO Dataset(GDS)数据集的ID号、GEO Series(GSE)研究的ID号、GEO Sample(GSM)样本ID号和GEO Platform(GPL)芯片平台。平台 平台记录描述阵列上的元...
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直接在NCBI的GEO数据库查看表达谱数据
NCBI的GEO数据库是芯片数据的海洋,很多同学会在这里面找一些数据自己分析一下,为后续研究做些准备。这“很多同学”中的大多数需求都只是简单的想要找找不同样本/分组之间的差异,其实网站本身...
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重磅!中文版GEO数据库来了!
数据集 :在Geo数据库中代表一个实验项目(就是某个作者上传的集合),包括所有样本信息,GSE是数据集的编号开头。2、 芯片平台...
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请问怎么从GEO数据库里面下载样本的临床信息啊?比如年龄性别疾病分期啥的?
但是 GEO 数据库中的数据比较混乱,找数据需要花不少时间。另外 GEO 上的临床数据也不太好找,看到不少小伙伴都在问这个问题。笔者就把一周以来查到的资料,整理亲测后分享一下。一、需要的数据前期分析找到一个自定义的基因集...
geo数据库有没有正常样本
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