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一文速学单细胞转录组数据分析详解
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单细胞转录组测序数据分析(二)
单细胞转录组测序产生的数据是成百上千个基因在上万个细胞中的表达情况,属于高维数据,我们需要对数据进行严格的质控与过滤,将...
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单细胞转录组数据分析CNV
都来 自于 aviv Regev实验室,一系列文章都利用了单细胞转录组数据分析CNV。2014年关于GBM的science文章 首先是2014年关于GBM的science文章;PMID:24925914,提到了这个分析点,然后还用了CCLE...
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单细胞转录组的时间序列数据分析
单细胞转录组数据分析在阐述多细胞生物发育与疾病进程方面已经开发了多种新的方法,如比较有名的轨迹推断(TI,trajectory inference)。但是,我们知道,各种轨迹推断方法只是一种利用表达量的...
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NBIS系列单细胞转录组数据分析实战汇总
NBIS系列单细胞转录组数据分析实战(一):数据质控NBIS系列单细胞转录组数据分析实战(二):数据降维可视化NBIS系列单细胞转录组数据分析实战(三)...
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单细胞转录组数据分析||工具:loomR
Linnarson实验室开发了一种基于hdf5的数据结构loom,可以方便地存储单细胞基因组数据集和元数据。他们还发布了一个名为loompy的Python API(完整的细节可以在这里找到)来与loom文件交互。为了补充loompy,我们引入了loomR: loom ...
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单细胞转录组数据分析||用10X软件分析已发表的10X数据
单细胞是生命科学的一个里程碑事件,而单细胞转录组是这个里程碑的上冠花。10x Genomics Single Cell Gene Expression solution商业平台为众多生物科学的单细胞研究提供了可能,越来越多10X数据发表正在丰富着我们的认知以及数据库。那么,如何利用公开的10X数据来做数据挖掘呢...
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单细胞转录组数据分析——降维
一 降维的目的 ①简化数据,将多维、复杂的数据简化为二维;②去除数据中的冗余部分;③减少后续 数据分析 的时间;④有助于聚类;⑤实现 数据可视化。二 降维方法分类 下图是一些降维...
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