瓜州县辖5个镇、6个乡：渊泉镇、柳园镇、三道沟镇、南岔镇、锁阳城镇、河东乡、布隆吉乡、环城乡、西湖乡、瓜州乡、腰站子乡。此外，还有双塔镇、七墩乡2个移民乡镇。