扬州大学在职研究生办学规模较大，在职研究生学科门类齐全。扬州大学在职研究生专业涵盖哲学、经济学、法学、教育学、文学、历史学、理学、工学、农学、医学、管理学等在职研究生学科门类。非全日制研究生学校建有6个国家级特色专业，拥有3个国家级教学团队，25个省品牌特色专业。

1. 软件工程

2. 教育硕士

3. 公共管理硕士

4. 工商管理硕士

5. 农业硕士

6. 兽医硕士

7. 计算机技术

8. 项目管理(工程学位)

9. 建筑与土木工程

10. 电子与通信工程

11. 机械工程

12. 动力工程热物理

13. 材料工程

14. 化学工程

15. 控制工程

16. 水利工程

17. 食品工程

18. 制药工程

19. 职业教师硕士