南门市场和北门市场在经营的商品种类和风格上有所不同。

原因是南门市场主要经营海鲜、水果和蔬菜等生鲜食材，因为它坐落于琼海市中心，离菜场和海边都比较近，所以大多数琼海市民都会在这里购买菜肴原材料。

而北门市场则是以小吃、糕点、腌制品、烧烤为主，这也符合了北门市场所处位置特点，靠近琼海火车站和汽车站，走过的大部分人都在购买快餐和方便食品。

同时，南门市场内的商家多以琼海市民为主，价格也相对较低；北门市场则是旅客和外地人员购买较多，价格和商家经营的风格也有所不同。

综上所述，南门市场和北门市场在经营商品种类和商家客群上有所差异。