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go数据库富集分析
2024年12月5日GO富集分析(Gene Ontology Enrichment Analysis)是一种生物信息学方法,用于分析特定基因集或蛋白质集在基因本体(Gene Ontology, GO)中是否显著聚集于某些功能类别或路径。这种分析通过比较目标基因集与整个基因组的背景基因集,揭示基因的生物学功能、分子作用以及其在细胞过程中的角色。GO富集分析常用于生
(5)富集分析及可视化 - 知乎
2025年05月05日-GO富集分析(Gene Ontology Enrichment Analysis):评估目标集合中的基因在细胞组分(Cellular Component)、分子功能(Molecular Function)、生物过程(Biological Process)方面的注释是否显著富集。 途径富集分析(Pathway Enrichment Analysis):考察目标集合中的基因是否在特定的代谢途径或信号传导途径中显著富集,常用的数据库包括KEGG...GO与KEGG富集分析的详细步骤与结果解读 - 知乎
2025年06月03日-使用enrichKEGG函数(来自clusterProfiler包)对差异基因列表gene_diff进行KEGG通路富集分析,指定的物种为人类(hsa)。 并且用setReadable函数将富集分析结果中的基因ID转换为基因符号,以提高结果的可读性。使用的是org.Hs.eg.db数据库,并且指定keyType为ENTREZID,表示输入的基因ID是Entrez基因ID。 GO富集分析 ego <- enric...科研干货 | 5分钟带你了解什么是GO和KEGG富集分析! - 知乎
2025年03月31日-一般GO富集分析后会看到这样的表格,Group列表示GO的三个levels,GO term列表示 GO数据库ID,Decription列表示该GO term的功能描述,Ratio in foreground list列表示富集到该term里的差异基因数/全部差异基因数,Ratio in background list列表示该term的全部基因数/该物种全部有GO注释信息的基因数,P-value是p值,geneID...
2025年3月25日GO富集分析通过比对差异基因与GO数据库中的基因注释，找出显著富集的GO条目，从而了解差异基因在哪些生物学...
功能富集分析是将基因或者蛋白列表分成多个部分,即将一堆基因进行分类,而这里的分类标准往往是按照基因的功能来限定的。换句话说,就是把一个基因列表中,具有相似功能的基因放到一起,并和生物学表型关联起来。 02 何为GO和KEGG? 为了解决将基因按照功能进行分类的问题,科学家们开发了很多基因功能注释数据库。这其中比...
2025年4月17日DAVID:经典富集分析工具,医学研究中广泛使用 IMP平台:专为植物研究设计,集成了GO/KEGG富集分析模块 二、借助 R 语言分析绘图 我们将使用 R 语言和一些常用的生物信息学包来进行 KEGG 富集分析。这里我们会用到clusterProfiler、org.Hs.eg.db(人类基因注释数据库,如果研究其他物种,需要替换相应的数据库)和enrichplot(...
2025年1月27日🌟 KOBAS富集分析:在导航栏选择“富集”,接着选择“基因列表富集”。 🌟 首先,选择物种和输入数据类型,然后输入基因列表。 🌟 根据需要选择分析内容,通常包括KEGG和GO分析。 🌟 在高级选项(Advanced Options)中,可以选择富集背景,例如使用自定义的组学鉴定数据库或默认的物种自带数据库。 🌟 对于富集分析算法...
2025年4月30日GO是Gene Ontology的简称，它代表着一个基因功能的国际标准分类体系。该体系旨在为各种物种提供统一的基因和蛋白质功能描述，并随着研究的深入不断更新。GO分类主要包括分子功能（Molecular Function）、生物过程（Biological Process）和细胞组成（Cellular Component）三个部分。富集分析是评估差异基因在GO term中富集程度的...
2025年2月10日1.数据处理 2. GO分析 3.KEGG富集 总结 前言 GO(Gene Ontology,基因本体)富集和 KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,京都基因与基因组百科全书)富集分析能够从不同角度揭示基因的功能和生物学意义 一、GO和KEGG 1.GO 富集分析: 说明基因在分子功能(Molecular Function)、生物过程(Biological Process)和...
